踩坑记（第一期）
记录我踩过的坑。这里的坑指完全按照指南操作但是却出现了意料之外的问题，我是如何解决的。这些坑主要集中在软件的安装上。虽然我之前已经踩过不少坑，但只有个别做了记录（可以查看之前的文章）。这个页面将会为今后的踩坑做记录。
Mummer
Q：提示找不到 libumdmummer.so.0。
A：按照这个 issue 的提示，这是因为 mummer 装在了默认位置（./configure —prefix=xxx没有指定），可以在装完后执行sudo ldconfig。
Syri or Plotsr
Q：conda 无法直接安装。
A：下载源码安装。首先建立一个新的 conda 环境，安装 numpy 等必要的依赖，然后从 Github 下载 Syri 或者 Plotsr 的源码，执行python setup.py install，期间可能会报一些警告（Warning），忽略就行。
Gnuplot or Mummerplot
Q：WSL 下 mummerplot 只能生成绘图脚本，无法正常绘图。
A：mummerplot 绘图依赖 gnuplot。而 gnuplot 在 Linux 下编译安装会跳过没有的依赖，比如一些图形库、Qt 这种。可以尝试下载 gnuplot 需要的各种依赖，重新编译（没试过，改天试试）。取巧的方法是安装 Windows 版本 gnuplot，手动执行 mummerplot 生成的 xxx.gp 脚本进行绘图。
jcvi
Q：安装 jcvi 需要 pysam、pybigwig 等依赖，Windows 下 pip 无法安装。
A：用 WSL。
Q：jcvi 画使用 jcvi.graphics.xxx 提示需要 LaTeX。
A：我服了，为什么一个 Python 程序画图需要 LaTeX。我在 Windows 上是装过 LaTeX 的，因为我的 jcvi 是装在 WSL 中的，我不想在 Wsl 里再装一遍。我想到 WSL 和 Windows 的环境变量是互通的，可以在 WSL 里直接调用 LaTeX。但我之前把这个功能关了，原因是当 Windows 和 WSL 里有一样的软件比如 node.js 或者 Python 时，这就很烦。我直接采取简单粗暴的方法关掉了。所以这一方案失效了（以后可以试一下）。不过，虽然 jcvi 的 wiki 里的提示是自行安装 TeXlive（好家伙）：
但是唐老师给 jcvi.graphics留了一个—notex 选项 ，在命令后加上就可以直接画图了。不过像是jcvi.compara.synteny depth —histogram 这种本身就不需要 LaTeX 来画图。
Docker-Easyconnect
Q：提示 1080 端口被占了。
A：hyper-v 每次启动会默认保留一些端口，保留的端口是随机的，可以通过 netsh interface ipv4 show excludedportrange protocol=tcp 查看。运气好的话重启一下就行了。当然更好一些的做法是挑一个没被占的端口，比如改成 1180:1080，然后在 SwichyOmega 等软件的 socks5 代理处改成 1180。当然也有一些单独设置端口的手段，比如 这个方法，但我没有试过。
不过我现在使用一个叫 EasierConnect 的项目，用 Go 写了一个命令行客户端，支持短信验证码，使用起来比 Docker 方便，十分优雅。
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